La Laguna di Santa Gilla è situata ad Ovest-Nord-Ovest di Cagliari, si estende per circa 10 km verso l’entroterra. E' alimentata dalle acque dolci del Rio Cixerri e del Rio Flumini Mannu e dalle acque salate del mare (attraverso l'apertura del canale de La Scafa, denominato anticamente La Goletta).

Occupa la parte più bassa della pianura che si distende tra le campagne di Elmas, Assemini e Capoterra ed è solo una parte dello Stagno di Cagliari, che rappresenta la zona umida costiera più estesa della Sardegna. La parte meridionale dello stagno di Cagliari è invece occupata dalle Saline di Macchiareddu (Conti-Vecchi), estese per 1.350 ettari, e separate dal mare da un cordone di dune lungo oltre dieci chilometri. La parte occidentale della Laguna è occupata dallo stagno di Capoterra, che si estende per poco più di settanta ettari.