Nel 2000 - con 4,8 miliardi di lire di fondi del Giubileo - il Comune ricoprì le gradinate con tribune definitive. La Soprintendenza ai beni archeologici, che in precedenza aveva autorizzato la sistemazione degli spalti, chiese di eliminarli. L'amministrazione ricorse al Tar ma nel 2002, dopo una mediazione, venne siglato un protocollo d'intesa tra Comune, Soprintendenza ai beni archeologici e Soprintendenza ai beni artistici che prevedeva l'eliminazione delle tribune a fine estate 2004 e la loro sistemazione nel nuovo spazio Grandi eventi previsto nel lungomare di Sant'Elia. Non è successo, perché il Comune non ha trovato uno spazio alternativo.
Nel 2011 una lettera del soprintendente Marco Minoja sul sopralluogo effettuato all'Anfiteatro dai funzionari tecnico-scientifici dell'Istituto superiore per la conservazione e il restauro spinse la Procura a indagare sulla vicenda. Un documento di 18 pagine che evidenziava «la necessità e l'urgenza della rimozione delle strutture lignee sovrapposte nel 2000». Uno smontaggio «ormai improrogabile non solo per poter predisporre i necessari interventi di ripristino e manutenzione straordinaria, ma anche per il degrado raggiunto dall'impianto ligneo delle strutture». Il soprintendente aveva definito «impossibile, per la sicurezza delle persone e delle cose, il rilascio di ulteriori autorizzazioni alla realizzazione degli spettacoli».