Prima di diventare nel 2006 l'unica Municipalità di Cagliari, Pirri ha attraversato con le sue tradizioni e le sue abitudini la travagliata storia della Sardegna. È stata integrata al capoluogo come frazione solo nel 1927, ma le sue origini risalgono al periodo preistorico, nel corso del quale, in base ad alcuni scavi archeologici, si erano creati i primi insediamenti umani nell'area oggi occupata dalla Municipalità. Durante il periodo della dominazione romana Pirri diventa un vero e proprio centro abitato.

Dopo aver vissuto, come il resto dell'isola, sotto il controllo di potenze straniere, come vandali e bizantini, nell'epoca dei giudicati Pirri entrò a far parte del giudicato di Calari. Successivamente si trovò coinvolta nella lotta che le grandi potenze marittime di Pisa e Genova intrapresero per garantirsi il predominio sulla Sardegna, fino al 1258 quando il regno di Calari venne conquistato da Pisa. Secondo lo Scano, il nome Pirri compare per la prima volta proprio nel trattato di pace stipulato da Genova e Pisa nel 1288. Dopo la dominazione pisana, anche Pirri passò nelle mani della Corona d'Aragona. Nel 1326, insieme a Quarto, San Vidrano, Quartuccio, Fluminella e Sebolla, venne concessa in feudo al catalano Raimondo de Vall.

Fin dal periodo del dominio pisano gli abitanti di Pirri e dei paesi vicini furono chiamati coattivamente al lavoro nelle saline degli stagni Major e di Riba. Le due principali fonti di sale della Sardegna si estendevano nelle attuali zone di Molentargius e dello stagno di Quartu. I villaggi limitrofi agli stagni fornivano la maggior parte dei lavoratori e dei carri necessari al trasporto del sale fino ai magazzini o al porto di Cagliari. Gli abitanti del capoluogo erano invece esenti dal massacrante e mal retribuito lavoro nelle saline. Per questo motivo i villaggi posti nella zona d'influenza degli stagni subirono un periodo di spopolamento. Diverse ordinanze del re aragonese cercarono di porre fine all'esodo, che aveva provocato un calo del numero di lavoratori impiegati nella raccolta del sale.

Dopo centocinquanta anni di dominazione aragonese, la Sardegna passò sotto il controllo della signoria spagnola. Pirri, insieme agli altri villaggi vicini, rientrò nella Baronia di Quarto, soppressa solo nel 1839. In questo periodo furono frequenti le incursioni arabe e barbaresche nel Campidano. Pirri, Monserrato (allora chiamata Pauli Pirri), Quartu e Quartucciu, furono molto spesso obiettivi delle scorrerie dei pirati e nel 1582 vennero distrutte. Pirri fu colpita anche da varie calamità, tra cui inondazioni, nubifragi ed epidemie di peste.

Dopo il suo coinvolgimento nella guerra di Successione di Spagna, la Sardegna nel 1720 entrò a far parte dei possedimenti della Casa Savoia, sotto la quale si abolì il feudalesimo che ostacolava lo sviluppo e la prosperità del popolo. Nel 1836 fu abolito anche il lavoro coatto nelle saline. Il centro abitato pirrese cominciò ad estendersi, soprattutto attorno alla piazza principale e alle vie del centro storico e divenne un centro di immigrazione per gli abitanti di altri paesi sardi, mentre i cagliaritani che possedevano una casa a Pirri erano soliti passarvi la primavera.

Dopo le ristrettezze e il sacrificio di giovani pirresi nel corso della Grande Guerra, durante il ventennio del regime fascista anche le strade di Pirri furono interessate dalle scorribande delle camicie nere e si svilupparono centri e circoli culturali legati al fascismo. La vita fu completamente fascistizzata, attraverso le feste e le istituzioni create da Mussolini. È in questo periodo che Pirri, Monserrato, Selargius e Quartucciu persero la loro autonomia a favore di Cagliari. Nel corso della seconda guerra mondiale Pirri, stretta tra Cagliari e Monserrato, obiettivi dei bombardamenti nemici, visse un periodo di sfollamento.

Negli anni più recenti Pirri si è avvicinata sempre a Cagliari, con cui costituisce un unico agglomerato urbano e a cui si è integrata sotto tutti gli aspetti. I campi hanno lasciato spazio alle abitazioni, Pirri è diventata sempre meno paese e sempre più città, ma continua a preservare nel tempo alcune tradizioni identitarie, come la festa in onore di Santa Maria Chiara.